新高考改革之后，新方案中如何选择学科一度成为热门话题。学科自由组合，似乎让学生有了更灵活的选择，但实际上却给很多考生和家长施加了更大的压力。
学习成绩尤为拔尖的优秀学生基本上不受学科选择限制，可以大胆、放心选择自己占优势的兴趣学科，并且还可以在物理等难度较高的科目上增加自己的拉分优势;然而对于成绩中等、学科优势不大的学生而言，如何选科将分数最大化，就成了一道“高难度”问题。
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原本的初版新高考改革“3+3”方案中，学生分科不受文理限制，除了主科外都可自由选择，本来是为了使学生能够更自由地发展自己的兴趣爱好和优势，却未曾想到将难度最高的物理“推下了水”。即便是在浙江这个学霸频出的高考大省，也只有1/6左右的考生选择了物理，选科形势一度十分严峻。毕竟物理作为社会生产、科学创造的重要组成部分，与科技的进步发展紧密相关，因此物理学科决不能存在过大的“人才缺口”。
清华的朱邦芬院士就曾经表示，物理引领着现代科技的发展，是人类生活、社会进步不可或缺的重要部分。于是如今，新高考模式由原来的“3+3”进化成了“3+1+2”模式，将物理和历史的重要性整整提升了一个度，成为了考生必须二选一的学科，并且与考生将来的专业选择息息相关。
新方案最典型的特点，就在于将物理学科完完全全“搬上台面”，前所未有地凸显出了物理的重要性。可以说，物理成为新高考方案中最大的“赢家”，很大程度上改变了曾经一度遭到弃选的现象。然而与物理相比，历史虽然同样作为必选科目之一，却显得有些“黯然失色”。
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在新高考方案之中，选择物理学科的考生未来可报考的专业多达九成;而选择历史学科的学生可报考专业数量却大大缩水，政史地的纯文科专业选择更是只有二三成左右。很多考生为了拓宽自己的专业选择面，如果物理不是太差，一般都不会选择历史。因此很多人说，相比物理，历史成为了隐形的“牺牲者”。
其次，在新高考模式中，同样受到较大影响的，就是化学。选了物理之后，为了减少自己的学习难度、腾出更多时间在高难度学科上，大部分学生会将剩下的两个选科名额都留给难度较低、容易得高分的学科。
化学虽说不是所有学科中最难的，却是除了物理之后难度偏高的理科科目。并且，由于剩下两门学科是采取赋分制纳入总分，因此分数结果究竟如何，还真是一场未知数。赋分情况下，如果不能有完全的高分把握，很可能会导致“失之毫厘、差之千里”的后果。面对这样的“博弈”，大部分学生当然不会选择冒险，而是倾向于更稳妥、保守的选择。因此，除非对化学尤其感兴趣、或是化学成绩非常拔尖的学生会将其作为选择之一，其余大部分学生会更加倾向于生物、政治或是地理。
新高考改革，为学生们带来了新的机遇，却也带来了新的挑战。有不少网友认为，新模式下学科选择的“冷热之分”太过明显，对一些学科未来的发展不太有利;而学生们自然而然趋易避难的选科心理，也会使得未来的人才产出愈发不均衡。